El programa de maestría en Economía Matemática tiene una duración de dos años cuenta con dos salidas de énfasis: Economía Matemática y Economía Matemática Aplicada. La principal meta del plan de estudios es lograr una formación matemática sólida para realizar un estudio formal y sistemático de modelos económicos actuales, sin dejar de aprender técnicas matemáticas diversas (dinámica, teoría de juegos) para lograr un entendimiento integral de los modelos económicos contemporáneos. Las materias optativas ofertadas promueven más herramientas necesarias (organización industrial, equilibrio general, procesos estocásticos, etc.) para una especialización en alguna área de la economía que sea línea terminal del posgrado.